#COVID - 19 Epidémie qui débuta en chine entre octobre et décembre 2019, et reconnue comme pandémie le 11 mars 2020 par l'OMS. Elle entraîna d'abord une crise sanitaire puis une crise politique et sociale. Cependant le plus grave, à mon sens, est la cacophonie "scientifique" sur les médias et les réseaux sociaux. Des médecins reconnus s'opposent entre eux sur la mortalité, la diffusion du virus et les traitements (curatifs ou préventifs).
Il en résulte une défiance envers les scientifiques en général et une difficulté de s'informer correctement. Cet article a pour but de lister les principales questions et les réponses + sources partagées sur différents médias par les médecins (twitter ou autre).
##Q/R
###COVID-19, SARS-COV-2 ? Il y a une confusion fréquente entre COVID-19 et SARS-COV-2
- SARS-COV-2 est le nom scientifique du virus responsable de la pandémie (de la famille des coronavirus) https://fr.wikipedia.org/wiki/SARS-CoV-2
- (la) COVID-19 est le nom de la maladie (et donc de la pandémie) causée par le coronavirus SARS-COV-2 (coronavirus disease 2019) https://fr.wikipedia.org/wiki/Maladie_%C3%A0_coronavirus_2019
###coronavirus? C'est une famille de virus (vient du latin et signifie "virus à couronne") qui ont une sorte de "couronne solaire" quand on les regarde sous microscope. https://fr.wikipedia.org/wiki/Coronavirus
###C'est un nouveau virus? Oui et non. Les coronavirus existent depuis longtemps mais c'est surtout au 21eme siècle qu'on entend parler d'eux. D'abord chez les animaux puis chez les êtres humains (ex: Epidémie de SRAS avec SARS-COV entre 2002 et 2004) https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89pid%C3%A9mie_de_SRAS_de_2002-2004 Le virus du SARS-COV-2 est surement un virus qui a muté et est passé de l'animal à l'homme.
###Il est passé à l'homme via le Pangolin? On en est plus vraiment sûr. Au début il y avait de forts doutes vu que le séquençage du virus trouvé sur le pangolin et celui de l'homme étaient très proches https://www.nature.com/articles/s41586-020-2169-0 (je laisse chacun lire car je ne suis pas qualifié pour en faire un résumé). Mais il semble que ce ne soit pas si simple https://www.sciencesetavenir.fr/sante/covid-19-le-pangolin-est-il-vraiment-responsable-de-l-epidemie_147699
###Il provient d'un laboratoire? A priori non c'est peu probable https://www.leparisien.fr/international/le-nouveau-coronavirus-est-d-origine-naturelle-certifie-l-oms-01-05-2020-8309451.php#xtor=AD-1481423553 Personne dit que c'est impossible car techniquement ce serait faisable mais il n'y a (actuellement) aucune preuve.
###Il fait peu de morts, notamment moins que la grippe ?
Des morts restent des morts et je pense que ceux qui ont perdu des proches ne diront pas que ce n'est pas "grave".
Ce virus n'est certe pas aussi mortel qu'un ebola, mais il tue + que la grippe https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2774464, https://www.lavoixlactee.com/post/covid-19-le-virus-a-t-il-augment%C3%A9-le-nombre-de-d%C3%A9c%C3%A8s-annuels-en-france
La mortalité est certes de 0,05% mais il faut savoir de quoi on parle. Ce pourcentage est pour "toute la population" ce qui représente une mauvaise représentation car ça prend en compte ET le risque de décès quand on tombe malade ET le risque de tomber malade (en gros il est réduit grâce au confinement qui conduit au fait que peu de gens sont malades https://www.lamontagne.fr/paris-75000/actualites/covid-19-non-le-taux-de-mortalite-en-france-n-est-pas-de-0-05_13879756/) Il faut plutôt s'appuyer sur l'IFR pour comprendre les risques.
##Vu le peu de morts pourquoi tant de restrictions et confinement ? Même si la mortalité n'est pas si "basse" ce n'est pas elle qui inquiète directement mais les conséquences de la maladie :
- Les malades restent longtemps en réanimation
- certains malades gardent des séquelles plus ou moins longues
Si l'épidémie n'est pas maitrisée, les hopitaux vont saturer ce qui conduira à d'autres problèmes
- déjà le surmenage des soignants qui ne sont pas corvéable à souhait
- une moins bonne prise en charge des autres maladies qui conduira a une augmentation des morts
- faire des choix difficiles de qui recevra des soins ou pas
##Les hopitaux sont vides il n'y a pas de Pandémie? C'est bien évidemment faux même si des vidéos montrent des salles d'attentes vides et certaines parties de l'hopital aussi. Les hopitaux évitent simplement que les patients attendent entassés dans une même salle avec un risque évident de se contaminer. https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/vrai-ou-fake-y-a-t-il-encore-des-hopitaux-vides_3910989.html
Vu le nombre de soigants et personnel qui travaille dans les hopitaux, celà paraît invraissemblable qu'aucun n'ait témoigné pour dire que les hopitaux étaient vides. On a tous en tête les vidéos des soignants, surmenés et en larme suite à la vague de malades. On a pas applaudit le soir à 20h pour des hopitaux vides. https://twitter.com/FXMoronval/status/1341295089306447875
###Pourquoi on dit qu'il n'y a pas de protocol de soin efficace contre la COVID-19 ? Il y a eu pleins de candidats (HCQ avec protocol Raoult, Remdesivir, etc. ), mais aucune étude n'a démontré une efficacité de l'un ou l'autre sur les formes graves de la covid-19. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2023184 Malgré ce que disent certaines personnes, l'HCQ a été réintroduite dans les études après le Lancetgate (fausse étude prétendant des morts élevés en utilisant l'HCQ) https://www.chu-lyon.fr/fr/covid-19-essai-discovery
Maintenant il est vrai qu'il y a eu des pressions des laboratoires pour pousser une mmolécule (Remdesivir) ou discréditer une autre (HCQ) mais on peut se féliciter que la communauté scientifique a su s'appuyer sur les chiffres et les tests pour au final rapidement relever les erreurs.
####Le professeur Raoult s'est trompé? Ce n'est pas le principal reproche. Ce qui dérange la communauté scientifique c'est que les études qui ont été faites dans son IHU ne suivent pas les pratiques garantissant la véracité des résultats (pratiques qui permettent d'ailleurs de ne pas être influencé par des pressions extérieures et s'assurer que l'on compare des choses comparables). Pour en savoir plus : https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/le-billet-sciences-la-methode-des-essais-randomises-en-double-aveugle_3872659.html https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/le-billet-sciences-la-methode-des-essais-randomises-en-double-aveugle_3872659.html
####Le vaccin à ARNm est nouveau et testé pour la première fois sur des être humains? C'est plus compliqué et globalement faux:
- La technologie à ARNm est en étude depuis plus de 20 ans https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/12/14/laventure-scientifique-des-vaccins-a-arn-messager/
- testée déjà sur des animaux http://french.xinhuanet.com/2020-02/10/c_138771805.htm
- et en partie chez l'homme
- le vaccin a été testé sur plus de 40 000 personnes en phase 3
####Un vaccin fait en moins d'un an au lieu de 5 en moyenne est efficace ? Il faut déjà savoir que le temps de mise sur le marché d'un vaccin est surtout lié à d'autres facteurs que la recherche et les tests (avoir des fonds, des personnes pour tester, valider la rentabilité , etc.) a vitesse de création du vaccin n'a pas été atteinte au détriment de la sécurité mais parce que:
- on avait déjà étudié un peu cette famille de virus via d'autres épidémie (SRAS)
- les labos ont collaboré comme jamais
- les moyens financiers n'étaient pas un problème (investissements)
- les procédures administratif ont été simplifiée (il y a eu des publication en cours d'étude au lieu de les faire qu'à la fin)
https://twitter.com/brutofficiel/status/1343989990322294785?s=20
####Un vaccin à ARNm on a pas de recul c'est dangeureux ? Alors comme tout vaccin on a pas de recul à long terme mais on a déjà des retours suite a la phase 3 et les 40000 personnes qui ont participé aux tests. Après la technique utilisée est très proche de celle des vaccins traditionnels : on introduit un élément génétique (ARN en traditionnel, ARNm sur les nouveaux) dans un porteur qui est chargé de le transmettre aux cellules humaines pour qu'elles se comportent comme si elles étaient infectées et produisent des éléments spécifiques du virus. https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-fonctionne-vaccin-arn-84148/
Exemple :
app:
image: php:7.3-dev
depends_on:
- database
- mailhog
environment:
- NODE_ENV=development
- LOGGY_STACKS=1
environment:
- COMPOSER_CACHE_DIR=/home/app/.cache/composer
- COMPOSER_HOME=/home/app/.config/composer
- YARN_CACHE_FOLDER=/home/node/.cache/yarn
volumes:
- ~/.cache/composer:/home/app/.cache/composer
- ~/.config/composer:/home/app/.config/composer
- ~/.cache/yarn:/home/node/.cache/yarn
- ~/.aws/credentials:/home/app/.aws/credentials
- mediatools-sync:/srv/:nocopy
- mediatools-vendor:/srv/vendor/:nocopy
- mediatools-node_modules:/srv/node_modules/:nocopy
volumes:
mediatools-sync:
external: true
mediatools-vendor:
external: true
mediatools-node_modules:
external: true
Dans cet exemple les volumes mediatools-sync , mediatools-vendor , mediatools-node_modules ont été créés pour les différents répertoires de l'application.
Cette configuration peut etre utilisée dans un docker-compose-override (ou docker-sync.compose.override.yml dans notre exemple) afin de ne pas polluer le docker-compose des collègues.
Ces volumes sont configurés dans le fichier docker-sync ci-après :
version: "2"
options:
verbose: true
# default: docker-compose.yml if you like, you can set a custom location (path) of your compose file like ~/app/compose.yml
# HINT: you can also use this as an array to define several compose files to include. Order is important!
compose-file-path: 'docker-sync.compose.override.yml'
#compose-dev-file-path: 'docker-compose.override-sync.yml'
syncs:
#IMPORTANT: ensure this name is unique and does not match your other application container name
mediatools-sync: #tip: add -sync and you keep consistent names as a convention
src: './'
sync_host_port: 10873
sync_strategy: 'rsync'
sync_args: '--delete'
#sync_args: '-prefer newer -copyonconflict'
host_disk_mount_mode: 'cached'
sync_excludes: ["var/cache", "public/", "var/log", ".idea", ".git", ".docker-sync", "ui/assets","node_modules","vendor"]
notify_terminal: true
mediatools-vendor:
src: './vendor'
sync_strategy: 'native_osx'
host_disk_mount_mode: 'cached'
notify_terminal: true
monit_high_cpu_cycles: 2
mediatools-node_modules:
src: './node_modules'
sync_strategy: 'native_osx'
host_disk_mount_mode: 'cached'
notify_terminal: true
monit_high_cpu_cycles: 2
La première option définit le fichier docker-compose à utiliser (docker-sync.compose.override.yml).
On peut remarquer que les volumes n'ont pas la même stratégie.
mediatools-sync utilise du rsync
mediatools-vendor et mediatools-node_modules du unison.
La raison est simple:
- Rsync est la méthode la plus rapide mais ne fonctionne que dans un sens MACOSX -> Container.
Impossible donc de lancer un yarn ou un composer dans le conteneur pour mettre à jour les données sur le local. => Idéal pour les fichiers sources de l'application (sans les vendors) qui sont modifiés uniquement sur le poste local via l'IDE et bougent souvent.
- Unison permet une synchro dans les 2 sens MAOSX <-> Container.
Ainsi, une modif sur le MAC est reportée sur le Container et inversement. => idéal pour les vendor et les node_module qui sont principalement créés/modifiés par le container et les scripts d'install
Il aurait pu être possible de ne pas synchroniser node_modules et vendor pour les laisser dans le volume mais par choix (plus facile de vérifier les libs) ils remontent aussi en local.
Petite subtilité: mediatools-sync cible tout le répertoire de l'application et va exclure ceux qui ne nécessitent pas de synchronisation.
ATTENTION : si RSYNC et UNISON synchronise le même répertoire, on peut se retrouver dans un cas instable où RSYNC tente de supprimer ce qui n'existe pas sur le local et Unison qui tente d'ajouter au local les fichiers présents sur le container.
####Utilisation
Une fois la configuration effectuée, la commande docker-sync-stack start permet de créer les containers de synchronisation, lancer les synchros et enfin créer et lancer les containers de l'application.
Cette commande continue de tourner et affiche les sorties consoles des containers. C'est utile surtout pour voir passer les commandes de synchronisation et la confirmation lorsque la synchro est terminée.
Si on suspend la commande via CTRL + C , docker-sync est arrêté et les containers stoppés.
####Redémarrer après mise en veille Certains blogs remontent que la mise en veille du mac et Docker ne font pas bon ménage. S'il vous arrive de mettre en veille votre Mac avec docker de lancé et que vous constatez par moment de mauvaises performances => pensez à redémarrer docker (quit et restart).